Tan4ik, во-первых, за счёт чего у тебя "размножается" MessageBox? Ты его из своего кода вызываешь несколько раз, до закрытия предыдущего бокса?
Во-вторых, если MessageBox тебе возвращает результат, то он уже закрылся, и уничтожать ничего не надо, тем более делать DestroyWindow для родительского окна
Или это для того диалога Destroy, из которого подтверждение вылезает?
По-моему, надо просто
if (MessageBox(hDlg,...) == IDOK) {/*применить настройки, возможно, закрыть диалог с радиобаттонами*/}
где hDlg - хендл диалога, из которого вызываешь подтверждение.
Но вообще лучше опиши поподробнее, а то запрос подтверждения вообще не всегда хорошо делать, иногда неуместно бывает спрашивать "вы уверены?"