Между операцией запись в порт и чтение данных из порта есть команды? или они подряд идут?
в том то и дело, что есть -
.....
	iorwf	temp1,w
	movwf	PORTA
	movf	temp,w
	movwf	PORTB		;1
	bcf	STATUS,C		;2 
	rlf	temp,w		;здесь останавливается
	btfsc	STATUS,Z
	addlw	1
	movwf	temp
	rlf	temp,f
	rlf	temp,f
	movlw	b'11111100'
	andwf	temp,w
	movwf	PORTA
	movf	PORTB,w		;1
	movwf	temp		;2
	rlf	temp,f		;здесь продолжает считать
	btfsc	STATUS,C
......
после записи в регистр таймера
здесь я в таймер не записываю ничего
Может быть, ты страницы перепутал и пишешь вместо порта, в регистр таймера? 
да нет, под отладчиком смотрел - пишется куда надо, а кроме того для TMR0 пара в другом банке - OPTION_REG, а туда я тоже не пишу здесь...