надо так: как обычно задаёшь иконку, так же и задавай, только сообщение NIM_MODIFY , а флаги - без NIF_ICON (то есть без иконки пустой квадратик будет)
создаёшь иконку (NIM_ADD, NIF_ICON)
....
//надо мигать
for(int i=0;i<7;i++)
{
   if(i%2)
   {
       показываешь иконку (NIM_MODIFY , 0)
   }
   else
   {
       показываешь иконку (NIM_MODIFY , NIF_ICON)
   }
   Sleep(100);
}
 показываешь иконку (NIM_MODIFY , NIF_ICON)
ну и учитывай подвисание приложения на 100*7 мс 

Либо запускай моргалку в отдельном потоке
Ну а ещё - ничего не мешает показывать не пустой квадратик второй картинкой, а ещё картинку ) Например, синий-красный