zubr, никак. alert() не создает объектов JS.
Мда.. хреново.
а если запустить на машине обычную программу, которая постоянно ищет эти окошки и мочит ?
Примерно так я и сделал, только не программу, а поток, вызываемый из программы перед появлением алерта. Но меня этот вариант не совсем устраивает, потому что:
1. Желательно не просто закрывать алерт, а в зависимости от текста сообщения, нажимать нужную кнопку. Хотя, стоп... можно попробовать через GetWindowText получить текст сообщения.
2. Программа многопоточная, то есть одновременно может запускаться несколько заданий. А вдруг получится, что в одном задании выскочит алерт и в другом и прога их перепутает, в не том алерте котором надо нажать Cancel, нажмет Ok и наоборот.