Во-первых нужно сопоставить логин пользователя с элементом справочника. У меня это делатеся так (в модуле сеанса):
Процедура УстановкаПараметровСеанса()
	...
	Спр = Справочники.Сотрудники;
	ПараметрыСеанса.Пользователь=Спр.НайтиПоРеквизиту("Пользователь1С", ИмяПользователя());
	...
КонецПроцедуры
Где УстановкаПараметровСеанса() - предопределенная процедура, ПараметрыСеанса.Пользователь - параметр сеанса, заданный в конфигураторе.
Ну а дальше подставлять сопоставленное значение при создании соответствующего документа:
Док.Пользователь=ПараметрыСеанса.Пользователь;