Когда задаю справочнику где группы и элементы владельцем справочник с элементами то у первого справочника все группы становятся открытыми...
Вообще поведение не понятно - по идее так не дожно быть. Может есть еще какие условия? Может просто отображение динамического списка - Список, а не Дерево или Иерархический список?
Для понятности назовем "справочник только с элементами" - ОСНОВНОЙ, "справочник с группами и элементами" - ДЕТАЛЬНЫЙ
Поскольку речь о 8.Х то можно:
1. Как предложил
Dest - в ДЕТАЛЬНОМ справочнике создать реквизит (этот вариант годится и для 7.7)
2. В ОСНОВНОМ справочнике создать табличную часть
3. Создать регистр сведений для связи
Кроме того не освещены 2 условия:
1. Группы из ДЕТАЛЬНОГО справочника тоже должны быть привязаны к ОСНОВНОМУ?
2. Один элемент из ДЕТАЛЬНОГО справочника подчинен только одному элементу из ОСНОВНОГО или может быть связан с несколькими?