Провел тест.
PuTTY и PuTTYgen версии 0.60.
Загрузил ppk ключ, экспорт в OpenSSH (на вопрос, нужно ли без passphrase ответил "yes").
Полученный ключ проверил openssl:
$ openssl rsa -in test -check
RSA key ok
writing RSA key
-----BEGIN RSA PRIVATE KEY-----
MIICWwIBAAKBgQDEc2UcBFghEkV0wOp1sHGjn0N+TPDuOUdXfZG97LKB+GtwUR0O
...................................
g7x++mzF+xISHEFjkBt8H5Jqu6QALTJfULpx/7Safw==
-----END RSA PRIVATE KEY-----
$ openssl rsa -in test -pubout -out test.pub
writing RSA key
Passphrase запрошен не был.