В приведенном куске кода СпрВО не используется - зачем его создавать и назначать владельца?
В какой процедуре находится данный код? Случайно не ПриЗаписи()?
Тогда естественно объект заблокирован. Еще возможно ИспользоватьВладельца() блокирует объект.
А код я бы все же немножко преписал для большей универсальности (совсем чуть-чуть):
// СпрВО = СоздатьОбъект("Справочник.ВоинскаяОбязанность"); это вообще не надо
СпрСотр= СоздатьОбъект("Справочник."+Владелец.Вид());
// СпрВО.ИспользоватьВладельца(СпрСотр); тоже не надо
Если СпрСотр.НайтиЭлемент(Владелец) = 1 тогда
СпрСотр.ВоинскийУчет = "..."; // ну то, что надо присвоить
КонецЕсли;
СпрСотр.Записать();