Есть множество способов передать данные в сервис.
1. Используя базовые средства межпроцессного взаимодействия: TCP сокеты, pipes. Сервис выступает в роли сервера TCP или сервера pipes, утилита конфигурации подсоединяется к серверу и передаёт ему данные. Так, например, реализован Cisco VPN клиент -- код для создания VPN соединения работает в сервисе, клиентское приложение устанавливает TCP соединение с сервисом и передаёт настройки пользователя.
2. Используя средства удалённого вызова: RPC, DCOM. Сервис выполняет роль сервера RPC или DCOM, клиент вызывает методы сервера. Пример для DCOM опубликован в MSDN
http://msdn.microsoft.com/webservices/com/default.aspx?pull=/library/en-us/dncomg/html/localserv.asp3. Используя файловую систему или реестр. Сервис отслеживает изменения некоторого заданного файла (файл настроек) или ключа в реестре. Клиентское приложение открывает файл или ключ, и пишет нужные значения, затем закрывает файл/ключ. Сервис получает оповещение об изменении, открывает, считывает.
Выбирай, что тебе больше подходит.