ИМХО Линух абсолютно прав, ибо не вижу способа подтвердить при подключении, что ты это ты, а не некто кто просто сел за твою машину и подключился через VNC
или опять же ты пересел на другую машину и пытаешься подключится и что там тоже твоя сессия должна висеть?
кстати для подключения к линуху лучше ипользовать XMing(или X/Cygwin) это более естественно для Линукса.
Что касается винды, то под виндой VNC(насколько я знаю) обычно запущен от одного пользователя и смысла проверять тебя на дееспосбность нет.
Если ты не закрывая окон завершишь сеанс соотвествующей кнопкой GUI, а потом разорвёшь сессию, то вероятность того что приследующем входе все программы сами запустятся резко возрастает