как закрыть окно..

[Jul]

да это понятно,что они номерами различаются...но куда же его поставить для инициализации??

[Jul]

сразу как вылетает первое окно,нужно включить второй таймер...

[McZim]

Jul, да собственно хоть куда ставь, главное что за код, будет внутри таймера

[Алексей++]

Jul, например перед открытием второго диалога (или прям в InitDialog второго) запускай таймер

SetTimer(2,1000,0); //id ==2 , elapse == 1000 ms

когда в OnTimer поймаешь ID==2 (лови в том же окне, где запустила таймер) сделай сразу же KillTimer(2) - остановишь таймер , а потом выполни нужные действия