Почти любой класс в Java можно запустить из командной строки: например, команда
java my.wonderful.Clazz argument1 argument2
запустит класс my.wonderful.Clazz, но при одном условии - в классе my.wonderful.Clazz должен быть метод
public static void main(String[] args)
виртуальная машина загрузит класс my.wonderful.Clazz и вызовет метод main. В массив args будут записаны все строки, которые при запуске java будут указаны после имени класса, в данном случае массив args будет состять из двух строк: argument1 и argument2.
Массив аргументов можно парсить самостоятельно, а можно воспользоваться существующими утилитами, например gnu.getopt.