Ну к примеру это может быть вот из-за чего:
Каждый элемент номенклатуры имеет ссылку в таблице БД и код элемента.
Возможно просто присваивадтся новые коды для номенклатуры или в базах кодировка разная
Вот например лог файла на позицию в номенклатуре
{"R",51:95b8001731b2aa6e11ddcd7f0aa96563},"шатун в сборе"}, //--Ссылка на запись в таблице БД и наименование
{20081224165058,C,
{2404ed8d05520,1d59ad4},2,1,2,26,5,I,"",0,
{"U"},""},
{20081224165058,C,
{2404ed8d05520,1d59bf5},2,1,2,26,3,I,"",0,
{"U"},""},
{20081224165058,U,
{2404ed8d05520,1d59bf5},2,1,2,26,6,I,"",75,
При загрузке посмотри как прописываются одинаковые позиции номенклатуры и задай правила для XML ВЗ вручную.