Tatyana, как уже сказал Sla, рисование чекбоксов не зона ответственности пхп

Итак если значения для чекбоксов у тебя хранятся в бд, то нужно делать запрос в бд, получать результат в переменную (это делает пхп), а затем передавать полученное значение в html шаблон. Если значения хранятся не в базе а вычисляются в скриптах пхп, то так же тебе значения нужно передавать в шаблон.
Правильно будет использовать какой нибудь движок для отрисовки HTML страниц. Например Smarty, он позволяет удобно передавать значения, полученные скриптом на пхп, в шаблон написанный на Smarty. Почитай что такое template engine, для чего нужны и какие бывают.