Ну если, мало кто работал с HCS12, такой же вопрос - если взять другой микроконтроллер на С ведь всё равно какой камень?
Я не писал что у мк 32к ОЗУ, это компилятора CodeWarrior_Eval ограничение.
Во-первых, можно попробовать уйти от этого ограничения, выбрав другой компилятор. Например, GCC поддерживает большой список архитектур (кстати, в их числе есть HC12; если они совместимы с HCS12, то проблема полностью решена). Компилятор бесплатный, не самый лучший, но вполне добротный.
Во-вторых, если допускается выбор другого семейства контроллеров, то выход еще проще - выбрать тот, для которого инструментарий доступнее и лучше.