Что касается той базы где реализация проводится. Делайте замер производительности и смотрите на чем тормозит.
на всём том, что касается выборок в запросах.. т.е. я подозреваю именно то в каком состоянии база находится.. только как это состояние определить и поправить 

А там, где мегосправочник, тоже запрос нужно смотреть. Может не оптимальный.
ну как бы тут сложно ошибиться))
 |    ВЫБРАТЬ
|               ТрансфертТаблица.Консультант КАК Консультант
|       ИЗ
|               Документ.Трансферт.Таблица КАК ТрансфертТаблица
|       ГДЕ
|               ТрансфертТаблица.Ссылка.Дата < &Дата
|       
|       СГРУППИРОВАТЬ ПО
|               ТрансфертТаблица.Консультант
Обновление статистики делали?
Use NameDB
exec sys.sp_updatestats
можете  по этому моменту подробнее? я как бы понимаю, что это относится к скулю и может даже найду, где это юзануть, но что это за команда и что она даёт? чем поможет базе?