Зачем 1CD?
По сути проблема в учете: в базу вручную был добавлен объект, который конфликтует с объектом, создаваемым при обновлении.
Поэтому 1С рекомендует всегда обновление делать сначала на копии, для выявления таких проблем (хотя я сам редко следую этому совету, только на очень крупных проектах
).
При наличии проблемы - в базе (лучше одновременно: в копии и оригинале) нужно поменять объект, который вызывает конфликт (например, изменить Код элемента справочника). Чтобы выявить такой объект - в Отладке включаем "Остановка по ошибке...". После изменения базы попробовать обновиться снова до успешного результата.
Как правило такие ошибки возникают не часто, т.к. обновления все-таки тестируют перед их выпуском. Чаще всего сталкивался с такими ошибками в случае срочного выпуска нового релиза от 1С.