Штатный драйвер, я так полагаю, настроен на использование принтера. Мне сложно судить, как он себя поведёт, скорее всего будет иметь место неопределённое состояние выводов порта из-за того, что драйвер принтера будет опрашивать готов ли он, не готов, текущее состояние...
Насколько я знаю - к параллельному порту в Linux есть возможность обращаться вне контекста принтеров - через устройство /dev/parportX. В качестве кратких сведений по программированию посмотрите:
http://mockmoon-cybernetics.ch/computer/linux/programming/parport.htmlЕсть возможность и напрямую обращаться к портам из пользовательского режима (см. там-же), но данный подход очень не приветствуется.
