Крайне странно. Никогда не испытывал проблем. Массив $_SESSION отличается от прочих массивов только двумя вещами: он суперглобальный и автоматически создается при запуске сессии. В остальном его поведение стандартно.
Chuda, я бы сключил все сообщения об ошибках и посмотрел.
Напр., если ранее не был создан массив $_SESSION["var"], то будет предупреждение.
Типичный тест:
<?php
session_start();
echo '<hr/><pre><![CDATA[', print_r($_POST, true), ']]></pre>';
echo '<hr/><pre><![CDATA[', print_r($_SESSION, true), ']]></pre>';
$_SESSION['var']['r'] = $_POST['id'];
echo '<hr/><pre><![CDATA[', print_r($_POST, true), ']]></pre>';
echo '<hr/><pre><![CDATA[', print_r($_SESSION, true), ']]></pre>';
?>