Паша, Вот мои ответы:
1. Чтобы изучать Яву ентерпрайз (J2EE) тебе не поможет. В отличие от многих других программ, в Яве J2EE - это не расширение, а надстройка над стандартной версией (J2SE). Так что тебе нужен именно J2SE.
2. Пакеты все более не менее одинаковы - кроме микрософтовского. У микрософта с Явой, как известно, несовместимость по резус-фактору.
А если всерьез - действительно любые, кроме МС. Кстати, у Сана есть бесплатные Форте и NetBeans IDE.
3. По поводу "с чего начинать" - я сторонник J2SE и notepad'a (или vi). Слишком много пришлось повидать людей, которые без подсветки и ошибки найти не могут...