Для того, чтобы Gnome запустился, надо установить соответствующие пакеты. Установлены? Если да, то что значит, что GNOME не запускается? А что запускается? Как запускается?
Если надо, чтобы после загрузки системы экран входа в систему был gnome, то надо установить GDM (
http://www.gnome.org/projects/gdm/) и прописать в /etc/inittab (или что используется вместо этого в freebsd)
Если надо, чтобы gnome запускалось в сессии пользователя, то тут масса возможностей: можно править глобальный xinit, пользовательский xinitrc, пользовательский xclients -- что именно, зависит от настроек X сервера.