Ну по идее выводит не все, а только последние комбинации по сотрудник/документ.
ИМХО поле Сотрудник не должно присутсововать во внутреннем запросе и связи, т.е. запрос будет приблизительно такой:
ВЫБРАТЬ
ДержателиАрхивныхДокументов.Сотрудник,
ДержателиАрхивныхДокументов.Документ
ИЗ
(ВЫБРАТЬ
МАКСИМУМ(ДержателиАрхивныхДокументов.Регистратор) КАК Регистратор,
ДержателиАрхивныхДокументов.Документ КАК Документ
ИЗ
РегистрСведений.ДержателиАрхивныхДокументов КАК ДержателиАрхивныхДокументов
СГРУППИРОВАТЬ ПО
ДержателиАрхивныхДокументов.Документ) КАК ВложенныйЗапрос
ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.ДержателиАрхивныхДокументов КАК ДержателиАрхивныхДокументов
ПО ВложенныйЗапрос.Регистратор = ДержателиАрхивныхДокументов.Регистратор
И ВложенныйЗапрос.Документ = ДержателиАрхивныхДокументов.Документ
P.S. Для кода лучше использовать тег
[code][/code] (для запросов) или
[code=e1cv8][/code] (для кода в 1С)