Ну по идее выводит не все, а только последние комбинации по сотрудник/документ.
ИМХО поле Сотрудник не должно присутсововать во внутреннем запросе и связи, т.е. запрос будет приблизительно такой:
ВЫБРАТЬ
	ДержателиАрхивныхДокументов.Сотрудник,
	ДержателиАрхивныхДокументов.Документ
ИЗ
	(ВЫБРАТЬ
		МАКСИМУМ(ДержателиАрхивныхДокументов.Регистратор) КАК Регистратор,
		ДержателиАрхивныхДокументов.Документ КАК Документ
	ИЗ
		РегистрСведений.ДержателиАрхивныхДокументов КАК ДержателиАрхивныхДокументов
		СГРУППИРОВАТЬ ПО
		ДержателиАрхивныхДокументов.Документ) КАК ВложенныйЗапрос
	ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.ДержателиАрхивныхДокументов КАК ДержателиАрхивныхДокументов
		ПО ВложенныйЗапрос.Регистратор = ДержателиАрхивныхДокументов.Регистратор
		И ВложенныйЗапрос.Документ = ДержателиАрхивныхДокументов.Документ
P.S. Для кода лучше использовать тег 
[code][/code] (для запросов) или 
[code=e1cv8][/code] (для кода в 1С)